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Biologie clinique de routine

Le laboratoire BARLA réalise chaque jour plus de 9000 dosages de biologie clinique de routine.

Il s’agit d’examens couramment prescrits pour la surveillance simple de la santé ou lors du suivi d’un traitement : biochimie clinique, bactériologie par culture des germes, tests d’hémostase, hématologie, sérologies fréquentes, hormonologie, marqueurs de cancers, des anémies, de souffrance cardiaque.

Les prélèvements sont effectués à domicile ou indifféremment sur l’un des sites du laboratoire BARLA. Le traitement analytique a lieu au plateau technique du Centre de Biologie Médicale Saint-Roch de Nice ou au plateau technique du laboratoire Charrière de Cannes la Bocca.

Le pôle de biologie clinique de routine en détails

Hématologie de routine

C’est quoi l’hématologie ?

L’hématologie est l’une des disciplines de la biologie qui étudie les globules blancs, les globules rouges, les plaquettes et leurs pathologies. Elle regroupe les tests de laboratoire qui permettent d’évaluer le nombre de globules rouges, globules blancs et plaquettes (numération), et les différentes sous populations de globules blancs (formule leucocytaire). Ces 3 éléments du sang sont produits par la moelle osseuse.

Les globules blancs sont les gendarmes de notre système immunitaire et nous défendent contre les agressions virales, bactériennes, parasitaires. Les globules rouges permettent le transport de l’oxygène vers les muscles et les tissus et le retour du CO2 des tissus vers les poumons, c’est la respiration aérobie. C’est l’hémoglobine contenue dans les globules rouges qui fixe tantôt l’oxygène, tantôt le CO2. Chaque molécule d’hémoglobine contient un atome de fer indispensable au transport de l’oxygène et du CO2. Les plaquettes participent activement au processus de coagulation et interviennent à la première étape du processus complexe de coagulation.

Elles permettent donc de colmater les brèches vasculaires et autres désordres hémorragiques.

Les technologies utilisées au laboratoire BARLA pour l’hématologie de routine

Les numérations-formules sont réalisées sur deux automates LH 780 Beckman Coulter. Lorsqu‘un échantillon présente des anomalies quantitatives ou qualitatives notamment sur la formule leucocytaire, anomalies détectées par l’automate, l’échantillon est analysé plus finement sur l’un des cytomètres de flux FC 500 Beckman Coulter qui utilise des anticorps monoclonaux couplés à des marqueurs fluorescents. En dernière intention, les anomalies les plus complexes sont vérifiées par coloration d’un frottis sur lame (MGG) qui sera lu au microscope par un biologiste expert.
Les VS (vitesses de sédimentation) sont réalisées par 2 analyseurs Test 1 Alifax, dont la technologie avancée réduit considérablement la durée de l’analyse de 2 heures pour la technique de référence. 

Hémostase de routine

Qu’est-ce que l’Hémostase ?

C’est l’ensemble de phénomènes physiologiques qui concourent à la prévention et à l’arrêt des saignements. Les plaquettes (étudiées en hématologie) sont impliquées mais aussi certaines protéines comme le fibrinogène et bien d’autres. A l’état normal, le fibrinogène est présent dans le sang sous forme soluble. Lors d’une rupture de la paroi d’un vaisseau (hémorragie), sur le lieu de la brèche et en urgence, il est activé et devient insoluble, il devient fibrine. Cette fibrine forme l’armature du « caillot » qui, avec les plaquettes arrivées en masse, forment le « clou » plaquettaire qui endigue le saignement. Puis, lors du rétablissement du flux sanguin et de la réparation physiologique de la paroi vasculaire, le caillot fibrineux disparait. Ce processus complexe de coagulation est la conséquence d’un enchainement de réactions chimiques impliquant 13 protéines différentes, dits facteurs de coagulation, tous identifiés, qui ont chacun un rôle essentiel. Les tests biologiques de l’hémostase permettent l’étude détaillée de la fonctionnalité de ce processus.

Les personnes traitées par des « anti-coagulants » (anti-vitamine K, héparine, autres…) qui interviennent dans l’équilibre hémostasique, sont donc régulièrement concernées par certains tests d’hémostase. Pour eux, une partie du processus de coagulation est surveillé régulièrement (INR, activité héparine) afin de vérifier que leur traitement maintient dans la zone de  fluidité souhaitable.

 

Les technologies utilisées au laboratoire BARLA pour l’hémostase de routine

L’analyseur de coagulation STA-R Evolution® de Stago travaille patient par patient sur des demi-volumes de réactif.
Il réalise en simultané des tests chronométriques, colorimétriques et immunologiques permettant la réalisation des bilans de la coagulation, des bilans de thrombophillie, le dosage des héparines et des D-dimères.

La biochimie de routine

Que dosent les analyses de biochimie de routine ?

Ces analyses donnent des informations importantes sur le fonctionnement du métabolisme (ensemble des réactions chimiques qui se déroulent au sein d’un être vivant). Elles dosent des molécules fabriquées au cours de la digestion, de l’effort musculaire ou cardiaque, de la fonction rénale ou impliquées dans le transport de substances entre cellules. Certaines de ces réactions chimiques sont facilitées par des enzymes que la biochimie étudie aussi. Les paramètres dosés sont donc le reflet du bon fonctionnement du métabolisme ou de l’efficacité d’un traitement. Quelques exemples : la bilirubine, les GGT, la lipase concernent les fonctions digestives, l’urée et la créatinine concernent la fonction rénale, la glycémie, le cholestérol, les triglycérides concernent les fonctions métaboliques.

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Les technologies utilisées au laboratoire BARLA pour la biochimie

Les échantillons concernés sont acheminés jusqu’à l’appareil de dosage l’AU 5800 Beckmann Coulter par une chaîne automatique de transport . L’automate réalise les dosages randomisés et en accès continu de plus de 50 paramètres de biochimiques, électrolytes (ionogramme), protéines, toxiques et médicaments, en des temps réactionnels variant de 6 à 21 minutes. L’AU 5800 Beckmann Coulter peut réaliser jusqu’à 900 dosages/heure et utilise des micro-volumes de sérum (1 microlitre). 400 tubes peuvent être chargés simultanément.

Chromatographie et électrophorèses

Qu’est-ce que la chromatographie ?

La chromatographie est une technique qui permet de séparer différents composants d’un substrat (par exemple le sérum) en les faisant migrer de manière différentielle en fonction de leurs propriétés physico-chimiques. Comme ils ne vont pas tous migrer à la même vitesse, en fonction de différents critères qui leurs sont propres (comme par exemple leur force ionique), à un moment donné ils seront séparés les uns des autres sur le support de migration. Le support est ensuite analysé afin d’identifier ces différents composants et de calculer leur quantités respectives.

L’HbA1c (suivi et dépistage du diabète) est dosée par chromatographie liquide haute pression (HPLC) sur un D100 de Bio-Rad, système entièrement automatisé et ultra-rapide.
Le dosage de la CDT (marqueur biologique de sur consommation d’alcool) est réalisé sur le Capillarys SEBIA par technique capillaire (migration différentielle des analytes sur un support solide baignant dans un liquide auquel un champ électrique est appliqué).

Les électrophorèses des protéines sériques sont aussi réalisées par technique capillaire, sur un analyseur Capillarys 3 SEBIA. Cette technique de très bonne sensiblité permet de dépister la présence d’une immunoglobuline monoclonale et d’en estimer la quantité.
Selon le cas, un immuno-typage peut être réalisé pour déterminer la chaine lourde et la chaine légère de l’immunoglobuline.

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Microbiologie humaine

Qu’est-ce que la microbiologie humaine ?

La microbiologie est un domaine qui a pour objet les micro-organismes et les activités qui les caractérisent. Plus spécifiquement, la microbiologie se consacre à l’identification et à la caractérisation des micro-organismes, à l’étude de leur origine et de leur évolution, à définir leurs caractéristiques, les produits de leurs activités leurs besoins et à comprendre les relations qu’ils entretiennent entre eux et avec leur milieu naturel ou artificiel. Cette discipline regroupe la bactériologie, la parasitologie et la mycologie.

La mise en évidence des micro-organismes se fait à partir de prélèvements effectués sur le patient.

Ces prélèvements dont les résultats conduisent à instituer, modifier, ou surveiller une thérapeutique sont de deux grands types :

  • Prélèvements provenant de zones normalement stériles (sang, urines, LCR, prélèvements pré-opératoires…). Ces prélèvements sont parfois invasifs, mais habituellement les meilleurs car non contaminés.
  • Prélèvements provenant de zones habituellement colonisées par des germes variés (peau , muqueuses…). Leur obtention est relativement aisé (écouvillon, aspiration…) mais la pathogénicité des germes retrouvés n’est pas aisée à établir.

L’isolement est une technique qui permet de séparer les bactéries d’un échantillon.

L’isolement permet d’obtenir des colonies différentes, espacées les unes des autres. L’isolement permet d’observer les colonies.

Les bactéries ainsi obtenues serviront à une série de tests permettant de déterminer, selon le(s) but(s) de l’étude :

  • le dénombrement des micro-organismes
  • l’identification de la bactérie pour trouver l’agent responsable de l’infection
  • la réalisation d’un antibiogramme, afin de déterminer la sensibilité des bactéries et de leur trouver un traitement adapté à une infection.

Pourquoi le laboratoire de biologie médicale BARLA émet des recommandations concernant les modalités de recueil, la conservation et l’acheminement des prélèvements ? 

  • Recueil 

Le non-respect des préconisations peut entrainer une contaminations prélèvements par la flore habituelle de la peau ou des muqueuses ou encore détruire les germes pathogènes. Ces recommandations sont décrites dans la fiche remise avec le matériel à prélèvement.

Le matériel à prélèvement fourni par le laboratoire est adapté à chaque type de prélèvement, il est stérile, à usage unique, étanche et conforme aux exigences techniques et de sécurité.

 

  • Délai d’acheminement / conditions de conservation avant transport 

La croissance bactérienne est directement dépendante de la température. Elle ne doit pas être favorisée ni défavorisée pour conserver la flore prélevée en l’état. Si le prélèvement n’est pas traité immédiatement, il est nécessaire de veiller au respect des consignes concernant les conditions de stockage.

  • Transport 

Les prélèvements microbiologiques sont potentiellement infectieux et donc dangereux. Les récipients doivent être transportés dans une poche plastique double, étanche pour limiter le risque d’accident en cas de fuite et pour isoler la prescription et/ou la fiche de renseignements. Les délais de transport préconisés par le laboratoire doivent être respectés.

Un antibiogramme n’est pas systématiquement effectué sur les bactéries isolées : La réalisation de l’antibiogramme est à l’appréciation du biologiste sauf demande explicite du prescripteur. Un antibiogramme réalisé alors qu’il n’est pas nécessaire peut entrainer un traitement inadapté voire entrainer l’apparition de résistance bactérienne.

Les délais de rendu de résultats sont souvent longs pour les analyses de bactériologie.

Les échantillons analysés peuvent être poly-microbiens. Il est donc nécessaire de réaliser des opérations d’isolement qui diffèrent le rendu du résultat. D’autre part, la réalisation de l’antibiogramme est effectuée dans un second temps, une fois la bactérie isolée et identifiée. Enfin, certains germes sont de culture difficile.

«  La qualité du résultat dépend de la qualité du prélèvement »

Les technologies de microbiologie utilisées par le laboratoire BARLA

La bactériologie, qui concerne la plus grande part des activités de microbiologie, est automatisée dans sa majeure partie pour la partie technique. En effet, le laboratoire est équipé d’un automate de cytologie urinaire URISED (I2A), d’un ensemenceur WASP (Copan), d’un lecteur d’antibiogramme en milieu gélosé SIRSCAN 2000 (I2A) et d’un automate d’hémocultures (BacT/ALERT® 3D 60 de BioMérieux).
La méthode d’antibiogramme en milieu gélosé reste la méthode de référence et permet d’être très performant dans la détection des résistances aux antibiotiques, qui conditionne la mise en place du traitement adéquat, outil indispensable à la prescription pour le médecin.
Par ailleurs, cette méthode permet également de dépister les bactéries multi-résistantes (BLSE, SARM, Carbapénémases,…) et de surveiller l’émergence éventuelle de souches porteuses de nouvelles résistances (épidémiologie).